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1. 中药农药配方申报的数据支持
某公司发明了一用中草药培植配制的杀虫剂，在申报时需要提供与杀虫剂相关的中药的有关信息，为这一配方的杀虫灭菌机理提供佐证。为此我们用中药化学信息系统查找了这些中药的基本信息、生物活性作用和化学组成。并根据中药化合物的线索从中药化学信息系统和其它的化学数据库查找出这些化合物的药理性质和毒性，再由本中心的专家根据这些化合物的性质分析出与杀虫作用有关的化合物，写出了相关表明其具有杀虫作用的文献分析报告。
2. 更年期综合症的项目报告
2002年7月，美国NIH（National Institute of Health）的国家心肺血液研究所(National Heart, Lung and Blood Institute)宣布提前终止HRT(Hormone Replacement Therapy)的临床试验。基于这一背景，研制ERT的中药代用制品是中药进一步扩大影响和步入国际市场的一个极好契机。为此我们上海中药创新研究中心决定开展用于防治和改善妇女更年期综合症的中药的研制，并利用中药化学信息系统的检索结果作为项目报告的撰写依据。我们首先把有关数据库中有关用于治疗更年期综合症的处方检索出来，从中找出几个不同类型的治疗更年期综合症的处方系列，然后根据中药化学信息系统检索得到的数据进行分析，对处方组成进行调整，删除动物药和被美国FDA列为有毒的中药，增加具有雌激素样作用并无毒性的中药，设计出更科学的用于更年期综合症的配方，并根据不同配方整理出2份有关中医防治更年期综合症的项目报告。其中的一份用于与香港中文大学合作申请香港赛马会中医研究院的项目，在50多个项目参与竞争，最后评出二个项目，本中心的项目被评上。
3. 糖尿病中药的药频分析
糖尿病是一种常见的内分泌代谢疾病，其中Ⅱ型糖尿病占糖尿病患者的90%以上，糖尿病的发病率逐年增加，Ⅱ型糖尿病的发病率已紧随心脑血管疾病，肿瘤病之后，升至第三位。积极开展糖尿病的防治研究我国卫生工作中的一项重要课题。目前临床应用的西药均有各自的不良反应和局限性，因此从中医药中寻找防治和控制糖尿病的药物也是当今糖尿病研究的一个重要途径。为配合这一研究，我们从中药化学信息系统中检索出1000余个治疗糖尿病的处方，并利用中药化学信息系统的统计分析功能对处方中的药物进行频率统计分析，从而了解在防治糖尿病处方中使用得最多的中药。我们接着选择高频药按中药的功效分类，并把选定的一些中药的化合物列表输出。
4. 抗病毒中药的归类分析
在抗击"非典"的科研攻关中，研制抗"非典"药物的主要工作是寻找有特效的抗病毒药物，目前西药中还没有抗"非典"病毒的特效药，而中药在抗病毒方面自有其突出的特点。并有大量的文献报道。为配合"非典"公关，我们利用中药化学信息系统检索出约180多种抗病毒中药，并利用数据库的功能对抗病毒中药进行分类，共分成有免疫调节功能的抗病毒中药、归肺经的抗病毒中药、补肺的抗病毒中药、用于感冒的抗病毒中药、用于肺炎的抗病毒中药、用于热病的抗病毒中药，对于各种类型的抗病毒中药还按其在方剂数据库的入药频率分列，便于研究人员挑选研究对象。本归类分析的结果由上海市非典公关信息协调组发送有关研究人员。
5. 肺纤维化处方的归纳
在抗击"非典"的科研攻关中，市有关领导在部署进一步任务时提出，对抗非药物的研究除了抗病毒药物的研制外，还要特别注意对改善非典症状的药物的研制，特别是对于肺纤维化药物的研究，并特别强调了中医的加入。为此我们从数据库检索了用于改善器质损伤的处方，如治疗肺纤维化、肝纤维化和矽肺的处方等，并对这些处方进行归纳整理，整理结果除了由上海市非典公关信息协调组发送有关研究人员外，还提供本市名中医张镜人老先生。
6. 甘草甜素的信息报告
有报道说，德国科学家发现甘草中的甘草甜素具有抗SARS病毒的作用，为此我们从中药化学信息系统中检索得到有关甘草的具体信息和甘草甜素的药理作用的信息。特别是有关甘草包含的化合物，共整理了202个甘草的化学成分，并具体列出了其中48个活性化合物的信息。
7. 清开灵等8个中成药配方的信息服务
国家"非典"防治科研组公布了清开灵等8种中成药在防治非典中有效，得知这一信息后，我们立即从中药化学信息系统中检索出这些中成药的具体信息：配方、配方中药的药理作用和化学成分。此外中科上海有机所的姚建华博士需要对这些中成药的毒性进行结构性能相关的研究，需要配方中所有化合物的结构连接表，我们提供了化学结构连接表信息，目前姚建华的研究已经取得初步结果。
8. 玉屏风散的应用分析
上海市在抗击"非典"中，以防治为主，并向市民推出了以玉屏风散为基础的六味汤。我们在同时用中药化学信息系统检索了所有玉屏风散及其加味的处方的临床应用情况，我们共检索得到含有玉屏风散三味药（黄芪、白术、防风）的处方600多个，同时检索所有处方名中含有"玉屏风"的处方，在综合后根据其临床应用进行归纳，总结了玉屏风散的各种临床应用。此外我们又用中药化学信息系统的中药数据库检索了六味中药的基本信息、功效和药理作用，探讨了玉屏风散预防"非典"的机理。列出了每个中药包含的化合物清单以及它们的活性化合物。通过这一综合分析过程为如何利用数据库对处方进行综合研究提供了一种模式，为今后的复方研究积累了经验。
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